分析色譜柱的使用：
使用預柱保護分析柱（硅膠在極性流動相/離子性流動相中有一定的溶解度）；
大多數反相色譜柱的pH穩定范圍是2－8，盡量不超過該色譜柱的pH范圍；
避免流動相組成及極性的劇烈變化；
流動相使用前需經脫氣和過濾處理；
壓力升高是需要更換預柱的信號。
分析色譜柱的污染后的清洗和再生要這樣做！
當柱子被污染，它的色譜行為和沒被污染的柱子會有些不同。被污染的柱子能產生反壓問題。被污染的反相柱子必須清洗和再生才能恢復原來的操作條件。
再生被污染HPLC柱子的關鍵是知道污染物的性質并且能找到適當的溶劑來去除。如果污染是因為重復進樣時強保留物質的累積引起的，利用簡單的步驟來除去這些污染物往往能恢復其色譜行為。有時候，經過多次操作以后的色譜柱用雙溶劑反相系統中較強的溶劑沖洗20個體積可以清除污染物。
一般來說，所有的清洗方法都有類似的形式。所用的溶劑都是隨溶劑強度增加，經常最后一個溶劑是非常疏水的（如醋酸乙酯甚至是烴），可以用來溶解非極性物質如脂質和油類。我們保證一系列溶劑中每個溶劑都能與下一個溶劑互混。清洗過程要結束時，必須借助一個中等強度能互混的溶劑而回到原始溶劑系統。例如，異丙醇是一個非常好的作為中間步驟的溶劑，因為它能與正己烷或二氯甲烷互溶又能與水相溶劑互溶。但是異丙醇粘度非常大，必須確保較低的流速以免使泵壓過高。沖洗色譜柱時，沖洗液由色譜柱出液端直接接入廢液瓶，不能流經檢測池，以免檢測池被污染。
